崇祯见一连两人都如此这般说周士朴的不是，不加丝毫考虑就削除了周士朴的官籍，工部尚书一职则由刘遵宪代替。一时间，朝内朝外人们众说纷纭，一些稍稍有些正义感的文武大臣对此很有看法但是他们却又无可奈何，对这种朝臣和太监们的斗争，当今皇上动辄得咎，他们也似乎心灰意冷了。与此相反，太监们则更为嚣张，甚至有些忘乎所以，而朝臣们在相当程度上也就只好仰仗他们的鼻孔出气了。
随着工部尚书周士朴的倒台，这场朝臣与太监之间的权力之争似乎暂时告一段落了，崇祯也多少能安心了。
他这安心却并没有两天。就在周士朴被削籍后没有两天，他便接连不断地接到了弹劾五省总督陈奇瑜的奏疏。这一弹劾的起因自然是由于农民军自车厢峡复出而引起的。其时，随着崇祯对后金兵入侵之当事者的兴师问罪，陈奇瑜不禁由此想到了自己的命运。作为身负剿杀农民军重任的五省总督，他不能不看到，自己对农民军复出所应该承担的责任，他也明白，既然后金兵入侵之当事者已经被悉数处置，那么下一批自然该轮到他们这些剿杀农民军的当事者了。