托勒密十二世又回到王宫，他立即恢复了自己的王位，并向全国宣布：
“公主贝勒奈西早存篡位之心，以至欲行弑父大逆，天理不容。随从者是不明真相而为之，因此，不予追究责任。现在，乱军已除，臣民当稍安勿躁，切勿为妖言所惑，以至于害人害己。今后，当以安居乐业为事。”
臣民们看到罗马人并未侵占他们的国土，仅仅是把托勒密十二世送回王位而已，又听国王此言，慢慢也就平息了，以为这又是一次宫廷内乱。
贝勒奈西公主被父王囚禁之后，曾有一些大臣前往宫廷说情，请托勒密十二世原谅公主的草率年轻，从轻发落为上，国王每次都是默默无语。
托勒密十二世虽然很气愤，但贝勒奈西毕竟是他的亲生女儿。他忘不掉她从小到大的一幕幕。况且王后克莉奥佩特拉已舍他而去，她活着时，是那样的善良、温厚、仁慈。记得有一次一个女仆偷吃了专为国王王后精选的一些水果，管家按照规章让人打那女仆二十鞭子。那女仆刚挨了三鞭，已是鲜血淋漓，叫声凄惨，王后正刚路过，不仅下令停止鞭打，还亲自召来御医为那女仆涂药。如果说杀了自己的女儿，她的在天之灵是决不会允许的。再说，王宫里人丁不旺，少了一个女儿，他又少了一个血脉。所以，他一直未作出抉择。
但是，被囚禁的贝勒奈西促使他痛下决心。她自己是不告饶，不求情，还历数父王的无能，还想方设法和她的一些亲信保持联系，企图东山再起。托勒密十二世最后忍无可忍，为翦除后患，为了王宫的安宁，他下令处死了贝勒奈西。