于是，在刘吉的上蹿下跳后，一大批成化朝时代劣迹斑斑的官员遭到了惩办查处，许多的冤假错案得到了纠正，许多劳民伤财的苛政得以叫停，许多曾遭排挤陷害（包括被刘吉本人陷害）的忠臣良将得以平反复职。当然，刘吉也没忘了干打击报复、公报私仇之类的“日常工作”，但总体说来，干得不错。
比如拨乱反正的事里，最难干的就属所谓“平反昭雪”了，蒙冤的忠臣你要平反，否则以后谁给你当忠臣。可你要冒冒失失地平反了，也就证明你爹错了，封建时代谁都可以错，唯独皇上不能错，否则“皇上的威信在群众中下降”，那就要影响社稷稳固了。
所以历代皇帝给本朝忠臣平反的时候都要小心翼翼，既要表扬忠臣，又得把黑锅转到奸臣小人身上来背，绕来绕去总免不了让先皇“丢人”。可刘吉办这事，却用了另一种办法。
他是这么找平反原因的：“先帝（朱见深）是很欣赏××的，但是为了能让他多加历练，所以才让他经受磨难，以成大任。现在请皇上起用他，也是为了不辜负先帝的苦心嘛。”