三月十六日，金声桓亲自统领大军“二十余万水陆并进，直犯赣界”，十九日进抵赣州城下。攻城之前曾多次进行招降，对高进库等将领许以加封官爵。这里顺便说一下，南明人士所撰史著中常常过分夸大了高进库的作用，把他说成据守赣州的清军主将。其实，当时在赣州的有南赣巡抚刘武元（此人原为明朝参将，在辽东降清）、南赣总兵胡有升下辖五营，每营一千名，协守将领高进库、徐启仁二营，每营兵额也是一千名[58]，总共不过七千兵马。金声桓兵临城下时，李成栋尚未反清（成栋易帜在四月十五日，距金声桓进攻赣州不到一个月），刘武元、胡有升不仅没有感到后顾之忧，还派急使要求佟养甲、李成栋出兵相救。金声桓的招降只收到部分效果，赣州右协副将徐启仁在双方交战于城外时，就“暗通逆贼，卖阵回营”。总兵胡有升见兵力不敌，数十次下令全军入城凭险扼守，徐启仁却带领部下一千名兵马奔回原驻地南安府，连同府内的道、府文官举城投顺了金声桓[59]；镇守南雄的雄韶协将李养臣也跟着投降[60]。赣州虽然成了一座孤城，但该城三面临水，地势险要，城墙坚固，是易守难攻的重镇。刘武元、胡有升督促部将高进库、刘伯禄、杨遇明、贾熊等奋力顽抗，双方相持不下。闰四月初一日，王得仁又带领由九江回师的兵力号称十余万来到赣州，同金声桓一道继续猛攻。闰四月二十二日，赣州清军突然出城反击，王得仁中炮负伤。这以后，金、王“重挖深濠，重筑营城，层层围困，意在不克不休。我兵内绝粮草，外无救兵……势难久待”。城内米价高达四十五两银子一石[61]，南赣总兵胡有升见士卒饥馁不堪，被迫“将自备战马初则变价以犒兵，继则活宰以充饥”[62]，赣州已危在旦夕。